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This is a repository for development of the SARS-CoV-2 Bioinformatics for Beginners Course

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SARS-COV-2_B4B

Este é um repositório do Curso de Bioinformática para Iniciantes do SARS-CoV-2.

A identificação das linhagens variantes do SARS-CoV-2 é fundamental para o rastreamento da pandemia e para possibilitar a resposta de saúde pública. Este curso é uma introdução à bioinformática aplicando habilidades usadas na análise genômica do SARS-CoV-2. Este será um curso distribuído em estilo de sala de aula, realizado na África, América Latina e Caribe, e Ásia. Este modelo foi desenvolvido pela [H3AbioNet] (https://www.h3abionet.org), consulte esta publicação para mais informações: (https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1008640).

As habilidades em bioinformática são fundamentais na gestão e avaliação de sequências virais. Este curso irá introduzi-lo ao processamento de dados utilizando programação, aos formatos de dados utilizados no sequenciamento viral, como determinar a linhagem variante (Delta, Ômicron, etc.) e como compartilhar dados para que outros ao redor do mundo possam se beneficiar. Essas habilidades são os fundamentos para expandir a análise para níveis de resposta pandêmica.

Course website
Glossary

Estrutura do curso

Este curso está utilizando o Google Colab - https://colab.research.google.com/, um serviço gratuito.

O acesso ao Colab é feito por meio de uma Conta do Google, que pode ser criada gratuitamente.

Compromisso de tempo

As sessões de contato ocorrerão duas vezes por semana, com duração de 4 horas por sessão. Elas acontecerão entre os dias 31 de outubro e 2 de dezembro de 2022. Haverá sessões em dois fusos horários. Observe que cada sessão para Oceania e Ásia, assim como para América Latina e África, ocorrerá no mesmo intervalo de tempo, porém com diferenças regionais de horário.

Público-Alvo

O curso é voltado para cientistas pós-graduados, cientistas pós-doutorados, membros juniores do corpo docente ou profissionais clínicos/saúde com base nas regiões da África, Ásia e América Latina e Caribe. Não é necessário ter habilidades em bioinformática como pré-requisito.

Conteúdos

O programa abordará os seguintes tópicos principais:

  • Introdução aos Notebooks Python
  • Introdução ao Unix/Linux e execução de comandos
  • Introdução às tecnologias de sequenciamento NGS empregadas no contexto do SARS-CoV-2
  • Controle de qualidade dos dados
  • Fluxos de trabalho para análise de sequenciamento
  • Pangolin para identificação de linhagens
  • Exploração de dados genômicos em um contexto global

Objetivos de aprendizado

  • Aplicar ferramentas de linha de comando para controle de qualidade de dados de sequência
  • Listar os formatos de arquivo comumente usados no sequenciamento do SARS-CoV-2
  • Usar o Pangolin para criar linhagens virais a partir de conjuntos de dados existentes
  • Listar os metadados-chave que devem ser incluídos ao enviar sequências para repositórios online
  • Descrever princípios gerais na tradução de resultados de análise para resposta a surtos/epidemias/pandemias.

Colaboradores do curso

  • Ariel Amadio, Universidad Nacional de Rafaela, IDICAL, INTA-CONICET, Argentina
  • Blanca Taboada,CoViGen-Mex, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM); Consorcio Mexicano de Vigilancia Genómica (CoViGen-Mex)
  • Carlo Lapid, Philippine Genome Centre, Philippines
  • Elizabeth Batty, MORU Mahidol Oxford Tropical Medicine Research Unit, Thailand
  • Idowu Olawoye, African Centre for Excellence for Genomics of Infectious Diseases (ACEGID), Nigeria
  • Johan F Bernal, AGROSAVIA, Colombia,
  • John Juma, International Livestock Research Institute (ILRI), Kenya, SANBI, University of Western Cape, South Africa
  • Jorge Batista da Rocha, COG-Train, Wellcome Connecting Science, United Kingdom, Sydney Brenner Institute for Molecular Bioscience SBIMB, University of the Witwatersrand, South Africa
  • Leigh Jackson, COG-Train, University of Exeter, United Kingdom
  • Marcela Suarez Esquivel, Universidad Nacional, Costa Rica
  • Paul Oluniyi, Chan Zuckerberg Biohub, University of California, San Francisco, USA
  • Progress Dube, National Biotechnology Authority, Zimbabwe
  • Una Ren, Special Pathogens Unit, Environmental Science and Research, New Zealand
  • Varun Shammana, Central Research Laboratory, Kempegowda Institute of Medical Sciences
  • Zahra Waheed, European Bioinformatics Institute, Wellcome Genome Campus, United Kingdom

Módulos

Introdução ao Curso
Começe Aqui a Primeira Notebook

Playlist de Introdução ao Curso

Módulo 1: Introdução aos Notebooks e Linhas de Comando Unix

Playlist Módulo 1

Instruções para o Notebook do Módulo 1

Vídeo Bônus: Tecnologia NGS

Módulo 2: Controle de Qualidade dos Dados e Sequências Consenso

Playlist Módulo 2

Instruções para o Notebook de Controle de Qualidade dos Dados e Sequências Consenso do Módulo 2, Partes 1, 2, 3

Módulo 3: Identificação da Linhagem de Variantes

Vídeo do Módulo 3- Identificação da Linhagem de Variantes

Instruções para o Notebook de Identificação de Linhagem de Variantes do Módulo 3

Módulo 4: Compartilhamento e Interpretação de Dados

Playlist Módulo 4

Instruções para o Notebook de Compartilhamento e Interpretação de Dados do Módulo 4

Slide das Aulas Módulo 4

Informações adicionais

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