IV Curso de Bioinformática (CIBEREHD)

Este es el repositorio para el IV Curso de Bioinformática del CIBEREHD, impartido por Marta Coronado y Ana Maria Corraliza.

Descripción del Curso

En este curso, presentaremos R y RStudio como herramientas para el análisis de datos. R es un lenguaje de programación especialmente diseñado para el análisis estadístico de datos y la creación de gráficos. RStudio es un entorno de desarrollo integrado (IDE) para R, que permite utilizarlo de una manera más cómoda y eficaz.

Preparación

Antes de comenzar el curso, se recomienda instalar R y RStudio en tu ordenador. Hazlo con tiempo, y si tienes problemas al hacerlo, ponte en contacto con nosotras con antelación.

Instalación de R y RStudio

• R se puede descargar desde CRAN. Debes elegir la versión adecuada para tu sistema operativo.
• RStudio está disponible de forma gratuita en RStudio Desktop. La página detectará automáticamente tu sistema operativo y te ofrecerá el instalador correspondiente.

Consulta los siguientes tutoriales para obtener ayuda específica según tu sistema operativo:

• Windows: Instalación de R y RStudio en Windows
• Linux: Cómo instalar R en Ubuntu 20.04
• MacOS: Instalación de R y RStudio en MacOS

Organización del Curso

El curso constará de tres sesiones teórico-prácticas online (6 horas) y una sesión totalmente práctica en formato asincrónico. En las sesiones online utilizaremos la herramienta RStudio en la nube, Posit Cloud, para realizar demostraciones y proporcionar materiales.

Inscripción en Posit Cloud

Para utilizar Posit Cloud, ve a la web posit.cloud y regístrate en la opción Cloud Free. Una vez registrado, podrás acceder a RStudio. Pronto te proporcionaremos un enlace con el material del curso, para que puedas acceder a los materiales y ejecutar los códigos en la misma plataforma.

Paquetes de R

Durante el curso utilizaremos diferentes paquetes de R. Estos paquetes contienen funciones que nos permiten realizar tareas específicas. A continuación se detallan los paquetes que se utilizarán:

• BiocManager
• utils
• readr
• learnr
• readxl
• ggplot2
• ggpubr
• car
• limma
• DESeq2
• clusterProfiler

Se recomienda instalar estos paquetes antes de comenzar el curso. Para hacerlo, abre RStudio una vez instalados R y RStudio, y ejecuta las siguientes líneas en la consola:

install.packages(c("BiocManager", "utils", "readr", "learnr", 
                   "readxl", "ggplot2", "ggpubr", "car"))

BiocManager::install(c("limma","DESeq2", "clusterProfiler"))