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title: ''
author: ''
date: ''
output:
pdf_document: default
documentclass: article
classoption: a4paper
footer: ''
geometry: left=2cm,right=1cm,top=0.7cm,bottom=1cm
---
\pagenumbering{gobble}
<!-- Codigo em Python para selecionar o PDF a ser analisado -->
```{python, echo=F, warning=F}
import tkinter
import tkinter.filedialog as filedialog
arquivoPDF = filedialog.askopenfilename(filetypes=[("Arquivo PDF do XiO", ".pdf")], initialdir='shell:MyComputerFolder', title="Selecione o PDF para conferência")
```
```{r, echo=FALSE, warning=F, results=FALSE, message=FALSE}
source("bin/PACOTES.R")
# Se houver modificacao nas funcoes ou nas tabelas, descomentar as duas linhas abaixo:
# source("bin/FUNCOES.R")
# source("bin/TABELAS.R")
# Utilizar 'load("TABELAS.RData")' faz a execucao ser mais rapida
load("bin/TABELAS.RData")
```
```{r, echo=FALSE, warning=F}
# arquivoPDF <- "Exemplos/TESTE_FOTONS.pdf"
arquivoPDF <- py$arquivoPDF
# Manipulacao do texto e das paginas contidas do PDF
texto <- pdf_text(arquivoPDF)
paginas <- strsplit(texto, "\n")
paginas <- sapply(paginas,function(x) {x <- gsub("\r","",x)})
numeroDePaginas <- NULL
# Se o documento possuir apenas uma pagina
if (is.null(dim(paginas))) {
numeroDePaginas <- length(paginas)
} else { numeroDePaginas <- dim(paginas)[2] }
```
```{r, echo=FALSE, warning=F}
# Implementa sintaxe que depende da instituicao e funcoes genericas para execucao
source("bin/SINTAXE.R")
source("bin/OPCOES_GENERICAS.R")
```
```{r, echo=FALSE, warning=F}
# Definicao se o campo possui ou nao bolus
if (length(grep("Bolus", texto)) == 0) {
BOLUS <- "---"
} else {
BOLUS <- buscaDeParametros("Bolus")
}
if ((dim(ENERGIA)[1]==1) & (BOLUS == "---")) {
DOSE <- t(as.data.frame(strsplit(sapply(buscaDeParametros("Weight "), function(x) {x <- gsub("/"," ",x)}), " "))[1,])
DOSE <- as.data.frame(as.numeric(as.character(DOSE[1,])))
rownames (DOSE) <- NULL; colnames (DOSE) <- "Dose"
FRACOES <- t(as.data.frame(strsplit(sapply(buscaDeParametros("Weight "), function(x) {x <- gsub("/"," ",x)}), " "))[2,])
FRACOES <- as.data.frame(as.numeric(as.character(FRACOES[1,])))
rownames (FRACOES) <- NULL; colnames (FRACOES) <- "Fracoes"
GANTRY <- t(as.data.frame(strsplit(sapply(buscaDeParametros("Gantry"), function(x) {x <- gsub("/"," ",x)}), " "))[1,])
GANTRY <- as.data.frame(as.numeric(as.character(GANTRY[1,])))
rownames (GANTRY) <- NULL; colnames (GANTRY) <- "Gantry"
COLIMADOR <- t(as.data.frame(strsplit(sapply(buscaDeParametros("Gantry"), function(x) {x <- gsub("/"," ",x)}), " "))[2,])
COLIMADOR <- as.data.frame(as.numeric(as.character(COLIMADOR[1,])))
rownames (COLIMADOR) <- NULL; colnames (COLIMADOR) <- "Colimador"
GANTRY_COLIMADOR_MESA <- cbind(GANTRY, COLIMADOR, MESA)
GANTRY_COLIMADOR_MESA <- as.data.frame(paste(GANTRY_COLIMADOR_MESA$Gantry, GANTRY_COLIMADOR_MESA$Colimador, GANTRY_COLIMADOR_MESA$Mesa, sep = "/"))
} else if ((dim(ENERGIA)[1]!=1) & (BOLUS == "---")) {
DOSE <- t(as.data.frame(strsplit(sapply(buscaDeParametros("Weight "), function(x) {x <- gsub("/"," ",x)}), " ")))
DOSE <- as.data.frame(as.numeric(as.character(DOSE[,1])))
rownames (DOSE) <- NULL; colnames (DOSE) <- "Dose"
FRACOES <- t(as.data.frame(strsplit(sapply(buscaDeParametros("Weight "), function(x) {x <- gsub("/"," ",x)}), " "))[2,])
FRACOES <- as.data.frame(as.numeric(as.character(FRACOES[,1])))
rownames (FRACOES) <- NULL; colnames (FRACOES) <- "Fracoes"
GANTRY <- t(as.data.frame(strsplit(sapply(buscaDeParametros("Gantry"), function(x) {x <- gsub("/"," ",x)}), " "))[1,])
GANTRY <- as.data.frame(as.numeric(as.character(GANTRY[,1])))
rownames (GANTRY) <- NULL; colnames (GANTRY) <- "Gantry"
COLIMADOR <- t(as.data.frame(strsplit(sapply(buscaDeParametros("Gantry"), function(x) {x <- gsub("/"," ",x)}), " "))[2,])
COLIMADOR <- as.data.frame(as.numeric(as.character(COLIMADOR[,1])))
rownames (COLIMADOR) <- NULL; colnames (COLIMADOR) <- "Colimador"
GANTRY_COLIMADOR_MESA <- cbind(GANTRY, COLIMADOR, MESA)
GANTRY_COLIMADOR_MESA <- as.data.frame(paste(GANTRY_COLIMADOR_MESA$Gantry, GANTRY_COLIMADOR_MESA$Colimador, GANTRY_COLIMADOR_MESA$Mesa, sep = "/"))
}
```
```{r, echo=FALSE, warning=F}
# Selecao da qualidade do feixe utilizado
if (TIPOFEIXE == "ELETRONS") {
source("bin/ELETRONS.R")
} else if (TIPOFEIXE == "FOTONS") {
source("bin/FOTONS.R")
}
```
\newpage
Nome: **`r NOME_PACIENTE`**, HC: **`r toString(HC)`**
Plano: "`r ID_PLANO`", Descrição: "`r DESCRICAO_PLANO`", Plano aprovado em: `r DATA_APROVACAO_PLANO`
```{r, results='asis', echo=FALSE, warning=FALSE}
# Arredondamento dos desvios para dois digitos
DESVIOS_DIRETO_ARREND <- round(DESVIOS_DIRETO, digits = 2)
DESVIOS_INVERSO_ARREND <- round(DESVIOS_INVERSO, digits = 2)
if (TIPOFEIXE == "ELETRONS"){
TABELA_RESULTADOS <- format(data.frame(NOME_CAMPO, ENERGIA, SETUP, CONE, GANTRY_COLIMADOR_MESA, SSD, DOSE/FRACOES, DOSE, FRACOES, PROFUNDIDADE, ALGORITMO_CALCULO, F_RENDIMENTO_ELETRONS, F_DISTANCIA, F_ELETRONS_XiO, UM_XiO, UM_CALCULADA_INT, DESVIOS_DIRETO_ARREND, DOSE_CALCULADA, DESVIOS_INVERSO_ARREND, APROVACAO), digits = 4)
colnames(TABELA_RESULTADOS) <- c("Nome do campo", "Energia", "Setup", "Cone", "Gantry/Colimador/Mesa (°)", "DFS (cm)", "Dose diária (cGy)", "Dose total (cGy)", "Nº de aplicações", "Profundidade (cm)", "Algoritmo de cálculo", "Fator rendimento", "Fator distância", "Fator rendimento (XiO)", "UM XiO", "UM calculada", "Desvio UM (%)", "Dose calculada (cGy)", "Desvio Dose (%)", "")
rownames(TABELA_RESULTADOS) <- NUMERO_CAMPO_XIO
kable(t(TABELA_RESULTADOS), booktabs = T, linesep = "", "latex", digits = 3, align = "c") %>% kable_styling(latex_options = c("striped", "condensed"), stripe_color = "#99FF99", font_size = 10) %>% row_spec(dim(TABELA_RESULTADOS)[2], bold=T, background = "white") %>% column_spec(1, bold = T, italic = T) %>% row_spec(11, hline_after = T) %>% row_spec(14, hline_after = T) %>% row_spec(17, hline_after = T, bold = T) %>% row_spec(dim(TABELA_RESULTADOS)[2]-1, hline_after = T, bold = T)
} else if (TIPOFEIXE == "FOTONS") {
TABELA_RESULTADOS <- format(data.frame(NOME_CAMPO, ENERGIA, SETUP, TAMANHOS_DE_CAMPO, GANTRY_COLIMADOR_MESA, FILTROS_COM_ORIENTACAO, 100-PROFUNDIDADE, SSD, DOSE/FRACOES, DOSE, FRACOES, PROFUNDIDADE, CAMPO_EQUIVALENTE_XiO, Campo_COLIMADO_XiO, ALGORITMO_CALCULO, PDP_OU_TMR, F_CALIBRACAO, F_ABERTURA_COLIMADOR, F_RETROESPALHAMENTO, F_BANDEJA, F_FILTRO, F_DISTANCIA, F_OFF_AXIS, UM_XiO, UM_CALCULADA_INT, DESVIOS_DIRETO_ARREND, DOSE_CALCULADA, DESVIOS_INVERSO_ARREND, APROVACAO), digits = 4)
# Avalicao se os campos sao simetricos ou nao
if (dim(TAMANHOS_DE_CAMPO)[2] == 2) {
colnames(TABELA_RESULTADOS) <- c("Nome do campo", "Energia", "Setup", "X", "Y", "Gantry/Colimador/Mesa (°)", "Filtro", "DFS (cm)", "DFI (cm)", "Dose diária (cGy)", "Dose total (cGy)", "Nº de aplicações", "Profundidade (cm)", "Campo equivalente (cm²)", "Campo colimado (cm²)", "Algoritmo de cálculo", "PDP ou TMR", "Fator de calibração", "Fator abertura do colimador", "Fator retroespalhamento", "Fator bandeja", "Fator filtro", "Fator distância", "Fator off-axis", "UM XiO", "UM calculada", "Desvio UM (%)", "Dose calculada (cGy)", "Desvio Dose (%)", "")
rownames(TABELA_RESULTADOS) <- NUMERO_CAMPO_XIO
# Controle do tamanho de exibicao da tabela de conferência
if (dim(NOME_CAMPO) <= 7) {
TAMANHO_FONTE <- 9
} else { TAMANHO_FONTE <- 7 }
kable(t(TABELA_RESULTADOS), booktabs = T, linesep = "", "latex", digits = 3, align = "c") %>% kable_styling(latex_options = c("striped", "condensed"), stripe_color = "#99FFFF", font_size = TAMANHO_FONTE) %>% row_spec(dim(TABELA_RESULTADOS)[2], bold=T, background = "white") %>% column_spec(1, bold = T, italic = T) %>% row_spec(13, hline_after = T) %>% row_spec(24, hline_after = T)%>% row_spec(27, hline_after = T, bold = T) %>% row_spec(29, hline_after = T, bold = T) %>% row_spec(16, hline_after = T)
} else {
colnames(TABELA_RESULTADOS) <- c("Nome do campo", "Energia", "Setup", "X1", "X2", "Y1", "Y2", "Gantry/Colimador/Mesa (°)", "Filtro", "DFS (cm)", "DFI (cm)", "Dose diária (cGy)", "Dose total (cGy)", "Nº de aplicações", "Profundidade (cm)", "Campo equivalente (cm²)", "Campo colimado (cm²)", "Algoritmo de cálculo", "PDP ou TMR", "Fator de calibração", "Fator abertura do colimador", "Fator retroespalhamento", "Fator bandeja", "Fator filtro", "Fator distância", "Fator off-axis", "UM XiO", "UM calculada", "Desvio UM (%)", "Dose calculada (cGy)", "Desvio Dose (%)", "")
rownames(TABELA_RESULTADOS) <- NUMERO_CAMPO_XIO
# Controle do tamanho de exibicao da tabela de conferência
if (dim(NOME_CAMPO) <= 7) {
TAMANHO_FONTE <- 9
} else { TAMANHO_FONTE <- 7 }
kable(t(TABELA_RESULTADOS), booktabs = T, linesep = "", "latex", digits = 3, align = "c") %>% kable_styling(latex_options = c("striped", "condensed"), stripe_color = "#99FFFF", font_size = TAMANHO_FONTE) %>% row_spec(dim(TABELA_RESULTADOS)[2], bold=T, background = "white") %>% column_spec(1, bold = T, italic = T) %>% row_spec(15, hline_after = T) %>% row_spec(26, hline_after = T)%>% row_spec(29, hline_after = T, bold = T) %>% row_spec(31, hline_after = T, bold = T) %>% row_spec(18, hline_after = T)
}
}
```
$\square$ A(s) curva(s) prescrita(s) e planejada(s) são as mesmas: _______________________________
$\square$ A somatória das doses de tratamento (`r colSums(DOSE)` cGy) é aproximadamente igual a soma da razão entre dose e curva de prescrição.
$\square$ Os tamanhos de campo e campos equivalentes e colimados estão condizentes com o planejado.
$\square$ Demais parâmetros checados com o *source* e com o sistema de gerenciamento foram inseridos corretamente no cabeçalho da ficha técnica.
$\square$ O cálculo manual foi realizado com desvio $\leqslant 2,0\%$ no ponto de cálculo (Desvio calculado pelo conferidor de `r round((1 - (colSums(DOSE)/colSums(DOSE_CALCULADA))) * 100, 2)`%).
Conferência aprovada: **$\square$ Integralmente $\square$ Parcialmente**
Observações:
`r if (BOLUS != "---") paste0("O campo _______ possui Bólus de _______ cm.")`
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$~$
Checado por: ___________________________________ Conferência realizada em `r paste0(str_split(Sys.Date(), "-")[[1]][3], "/", str_split(Sys.Date(), "-")[[1]][2], "/", str_split(Sys.Date(), "-")[[1]][1])`.