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# Section 1:
# Broadsea Host
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DOCKER_ARCH="linux/amd64" # change this to linux/arm64 if using Mac Silicon, otherwise keep as-is
BROADSEA_HOST="127.0.0.1" # change to your host URL (without the http part)
HTTP_TYPE="http" # if using https, you need to add the crt and key files to the ./certs folder
BROADSEA_CERTS_FOLDER="./certs"
GITHUB_PAT_SECRET_FILE="./secrets/github_pat" # optionally, specify a GitHub PAT file
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# Section 2:
# Atlas GUI configuration
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ATLAS_INSTANCE_NAME="Broadsea"
ATLAS_COHORT_COMPARISON_RESULTS_ENABLED="false"
ATLAS_USER_AUTH_ENABLED="false" # set to true if using security, but ensure you fill out the WebAPI/Atlas security sections below
ATLAS_PLP_RESULTS_ENABLED="false"
ATLAS_USE_EXECUTION_ENGINE="false" # set to true if enabling Execution Engine (Estimation module)
# This setting requires Atlas commit 1297c137669f21babace1906f23c3a9d70a9da19 or higher:
ATLAS_DISABLE_BROWSER_CHECK="false" # change to true if you want to disable the browser warning from showing
# Additional Atlas config settings
ATLAS_ENABLE_TAGGING_SECTION="false" # set to true to show the Tagging module in the left navigation
ATLAS_CACHE_SOURCES="false"
ATLAS_POLL_INTERVAL="60000"
ATLAS_ENABLE_SKIP_LOGIN="false"
ATLAS_VIEW_PROFILE_DATES="false"
ATLAS_ENABLE_COSTS="false"
ATLAS_SUPPORT_URL="https://github.com/ohdsi/atlas/issues"
ATLAS_SUPPORT_MAIL="atlasadmin@your.org"
ATLAS_FEEDBACK_CONTACTS="For access or questions concerning the Atlas application please contact:"
ATLAS_FEEDBACK_CUSTOM_HTML_TEMPLATE=""
ATLAS_COMPANY_INFO_CUSTOM_HTML_TEMPLATE=""
ATLAS_SHOW_COMPANY_INFO="true"
ATLAS_DEFAULT_LOCALE="en"
ATLAS_ENABLE_PERSON_COUNT="true"
ATLAS_ENABLE_TERMS_AND_CONDITIONS="true"
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# Section 3:
# WebAPI Schema, Caching, Language, Java Keystore, and CDM auth configuration
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# If not using a pre-filled WebAPI schema, change this to false
FLYWAY_BASELINE_ON_MIGRATE="true"
# WebAPI logging levels, set to other log4j levels to expose more verbose logging
WEBAPI_LOGGING_LEVEL_ROOT="info" # for the entire application
WEBAPI_LOGGING_LEVEL_ORG_OHDSI="info" # for any ohdsi library logging
WEBAPI_LOGGING_LEVEL_ORG_APACHE_SHIRO="warn" # for shiro, the security authentication library
# Shiro logging level, for authentication provider logging
WEBAPI_SHIRO_LOGGING_LEVEL="warn"
# Keep as-is if using Broadsea to launch the WebAPI postgres, replace if using an external postgres instance
WEBAPI_DATASOURCE_URL="jdbc:postgresql://broadsea-atlasdb:5432/postgres"
WEBAPI_DATASOURCE_USERNAME="postgres"
WEBAPI_DATASOURCE_PASSWORD_FILE="./secrets/webapi/WEBAPI_DATASOURCE_PASSWORD"
WEBAPI_DATASOURCE_OHDSI_SCHEMA="webapi"
# Only if trying to add a jar file for a supported OHDSI dialect in addition
# to JDBC jar files that come with WebAPI
# (please refer to WebAPI documentation)
WEBAPI_ADDITIONAL_JDBC_FILE_PATH="../jdbc/none.jar" # this is a placeholder to a blank jar file
# Only if trying to add a custom Java Keystore (cacerts) file
# to WebAPI in place of the standard cacerts file from Ubuntu Linux
# Note: only change this value if you need to support external SSL connections to LDAP or Snowflake
WEBAPI_CACERTS_FILE="../cacerts" # this is a placeholder to a blank cacerts file
# Atlas cohort definition caching
CACHE_GENERATION_INVALIDAFTERDAYS="30" # set to -1 to effectively disable all Atlas cohort caching
CACHE_GENERATION_CLEANUPINTERVAL="3600000"
# Multiple language support
I18N_ENABLED="true"
# Arache Execution Engine
# keep this URL if using Broadsea's Arachne execution engine profile, otherwise point to an existing instance
EXECUTIONENGINE_URL="http://broadsea-arachne-execution-engine:8888/api/v1"
# Snowflake Authentication via private key file
# Note: only use if you need to support CDMs in Snowflake and your Snowflake uses
# key-based authentication
WEBAPI_CDM_SNOWFLAKE_PRIVATE_KEY_FILE="./secrets/webapi/CDM_SNOWFLAKE_PRIVATE_KEY"
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# Section 4:
# Atlas security provider configuration
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# Only modify if you are enabling security!
ATLAS_SECURITY_PROVIDER_TYPE="none" # ad, ldap, kerberos, openid, cas, oauth, iap, db
ATLAS_SECURITY_PROVIDER_NAME="none" # What to call the provider in the Atlas GUI (e.g. "OHDSI Active Directory")
ATLAS_SECURITY_ICON="fa-cubes" # font-awesome icon name
ATLAS_SECURITY_USE_FORM="false" # set to true for most security providers
ATLAS_SECURITY_USE_AJAX="false" # set to true for most security providers except CAS
############################################################################################################################################################
# Section 5:
# WebAPI security configuration
############################################################################################################################################################
WEBAPI_SECURITY_PROVIDER="DisabledSecurity" # Change to AtlasRegularSecurity
SECURITY_TOKEN_EXPIRATION="28800" # number of seconds to persist a security token (default here is 8 hours)
# choose one, set it to enabled, and replace with appropriate values
# Basic: refer to https://github.com/OHDSI/WebAPI/wiki/Basic-Security-Configuration
# the below default settings are for the Broadsea-AtlasDB: https://github.com/OHDSI/Broadsea-atlasdb container
SECURITY_AUTH_JDBC_ENABLED="false"
SECURITY_DB_DATASOURCE_SCHEMA="webapi_security"
SECURITY_DB_DATASOURCE_TABLE="security"
SECURITY_DB_DATASOURCE_URL="jdbc:postgresql://broadsea-atlasdb:5432/postgres"
SECURITY_DB_DATASOURCE_DRIVERCLASSNAME="org.postgresql.Driver"
SECURITY_DB_DATASOURCE_USERNAME="postgres"
SECURITY_DB_DATASOURCE_PASSWORD_FILE="./secrets/webapi/SECURITY_DB_DATASOURCE_PASSWORD"
SECURITY_DB_DATASOURCE_AUTHENTICATIONQUERY="select password from webapi_security.security where lower(email) = lower(?)"
# LDAP
SECURITY_AUTH_LDAP_ENABLED="false"
SECURITY_LDAP_DN="cn={0},ou=users,dc=example,dc=org"
SECURITY_LDAP_URL="ldap://broadsea-openldap:1389"
SECURITY_LDAP_BASEDN="ou=users,dc=example,dc=org"
SECURITY_LDAP_SYSTEM_USERNAME="ldapadmin"
SECURITY_LDAP_SYSTEM_PASSWORD_FILE="./secrets/webapi/SECURITY_LDAP_SYSTEM_PASSWORD"
SECURITY_LDAP_SEARCHSTRING="(&(objectClass=*)(commonName={0}))"
SECURITY_LDAP_USERMAPPING_DISPLAYNAMEATTR="displayname"
SECURITY_LDAP_USERMAPPING_FIRSTNAMEATTR="givenName"
SECURITY_LDAP_USERMAPPING_MIDDLENAMEATTR="initials"
SECURITY_LDAP_USERMAPPING_LASTNAMEATTR="sn"
SECURITY_LDAP_USERMAPPING_USERNAMEATTR="cn"
SECURITY_LDAP_USERIMPORT_USERNAMEATTR="cn"
SECURITY_LDAP_USERIMPORT_LOGINATTR="uid"
SECURITY_LDAP_SEARCHBASE="ou=users,dc=example,dc=org"
# AD
SECURITY_AUTH_AD_ENABLED="false"
SECURITY_AD_URL=
SECURITY_AD_SEARCHBASE="CN=Users,DC=example,DC=org"
SECURITY_AD_PRINCIPALSUFFIX=
SECURITY_AD_SYSTEM_USERNAME=
SECURITY_AD_SYSTEM_PASSWORD_FILE="./secrets/webapi/SECURITY_AD_SYSTEM_PASSWORD"
SECURITY_AD_SEARCHFILTER="(&(objectClass=person)(cn=%s))"
SECURITY_AD_IGNORE_PARTIAL_RESULT_EXCEPTION="true"
SECURITY_AD_RESULT_COUNT_LIMIT="30000"
SECURITY_AD_DEFAULT_IMPORT_GROUP="public"
SECURITY_AD_SEARCHSTRING="(&(objectClass=person)(userPrincipalName=%s))"
SECURITY_AD_USERMAPPING_DISPLAYNAMEATTR="displayName"
SECURITY_AD_USERMAPPING_FIRSTNAMEATTR="givenname"
SECURITY_AD_USERMAPPING_MIDDLENAMEATTR="initials"
SECURITY_AD_USERMAPPING_LASTNAMEATTR="sn"
SECURITY_AD_USERMAPPING_USERNAMEATTR="sAMAccountName"
SECURITY_AD_USERIMPORT_LOGINATTR="sAMAccountName"
SECURITY_AD_USERIMPORT_USERNAMEATTR="cn"
# Kerberos
SECURITY_AUTH_KERBEROS_ENABLED="false"
SECURITY_KERBEROS_SPN=
SECURITY_KERBEROS_KEYTABPATH=
# OAuth
SECURITY_OAUTH_CALLBACK_UI="http://localhost/Atlas/#/welcome"
SECURITY_OAUTH_CALLBACK_API="http://localhost:8080/WebAPI/user/oauth/callback"
SECURITY_OAUTH_CALLBACK_URLRESOLVER="query"
SECURITY_AUTH_GOOGLE_ENABLED="false"
SECURITY_OAUTH_GOOGLE_APIKEY=
SECURITY_OAUTH_GOOGLE_APISECRET_FILE="./secrets/webapi/SECURITY_OAUTH_GOOGLE_APISECRET"
SECURITY_AUTH_FACEBOOK_ENABLED="false"
SECURITY_OAUTH_FACEBOOK_APIKEY=
SECURITY_OAUTH_FACEBOOK_APISECRET_FILE="./secrets/webapi/SECURITY_OAUTH_FACEBOOK_APISECRET"
SECURITY_AUTH_GITHUB_ENABLED="false"
SECURITY_OAUTH_GITHUB_APIKEY=
SECURITY_OAUTH_GITHUB_APISECRET_FILE="./secrets/webapi/SECURITY_OAUTH_GITHUB_APISECRET"
# OpenID
SECURITY_AUTH_OPENID_ENABLED="false"
SECURITY_OID_CLIENTID=
SECURITY_OID_APISECRET=
SECURITY_OID_URL=
SECURITY_OID_LOGOUTURL=
SECURITY_OID_EXTRASCOPES=
SECURITY_OID_REDIRECTURL="http://localhost/index.html#/welcome/"
SECURITY_OID_CUSTOMPARAMS="{:}"
# CAS
SECURITY_AUTH_CAS_ENABLED="false"
WEBAPI_SECURITY_CAS_SERVER=""
# IAP
SECURITY_AUTH_GOOGLEIAP_ENABLED="false"
SECURITY_GOOGLEIAP_CLOUDPROJECTID=""
SECURITY_GOOGLEIAP_BACKENDSERVICEID=""
SECURITY_GOOGLE_ACCESSTOKEN_ENABLED="false"
# SAML
SECURITY_SAML_ENABLED="false"
SECURITY_SAML_ENTITYID=""
SECURITY_SAML_IDPMETADATALOCATION=""
SECURITY_SAML_KEYMANAGER_KEYSTOREFILE=""
SECURITY_SAML_KEYMANAGER_STOREPASSWORD_FILE="./secrets/webapi/SECURITY_SAML_KEYMANAGER_STOREPASSWORD"
SECURITY_SAML_KEYMANAGER_PASSWORDS_ARACHNENETWORK_FILE="./secrets/webapi/SECURITY_SAML_KEYMANAGER_PASSWORDS_ARACHNENETWORK"
SECURITY_SAML_KEYMANAGER_DEFAULTKEY=""
SECURITY_SAML_METADATALOCATION=""
SECURITY_SAML_CALLBACKURL=""
SECURITY_SAML_SLOURL=""
SECURITY_SAML_MAXIMUMAUTHENTICATIONLIFETIME="60"
############################################################################################################################################################
# Section 6:
# Building Atlas or WebAPI from Git
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# if building Atlas from git rather than docker hub image
ATLAS_GITHUB_URL="https://github.com/OHDSI/Atlas.git#1297c137669f21babace1906f23c3a9d70a9da19"
# if building WebAPI from git rather than docker hub image
WEBAPI_GITHUB_URL="https://github.com/OHDSI/WebAPI.git#rc-2.13.0"
WEBAPI_MAVEN_PROFILE="webapi-docker" # Set this to webapi-docker,webapi-solr if you want to enable SOLR Vocab search
############################################################################################################################################################
# Section 7:
# SOLR Vocab (optional)
############################################################################################################################################################
# keep blank if not using Solr Vocab
# if using Broadsea to launch SOLR OMOP Vocabulary, use http://broadsea-solr-vocab:8983/solr"
# otherwise replace with external SOLR OMOP Vocabulary endpoint
SOLR_VOCAB_ENDPOINT=""
# if using Broadsea to launch SOLR, fill these out to build the vocab core
SOLR_VOCAB_VERSION="v5.0_23-JAN-23" # replace spaces with underscores
SOLR_VOCAB_JDBC_DRIVER_PATH="org.postgresql.Driver"
SOLR_VOCAB_JDBC_URL="jdbc:postgresql://broadsea-atlasdb:5432/postgres"
SOLR_VOCAB_JDBC_USER="postgres"
SOLR_VOCAB_JDBC_PASSWORD_FILE="./secrets/solr_vocab/SOLR_VOCAB_JDBC_PASSWORD"
SOLR_VOCAB_JDBC_FILE_PATH="./jdbc/none.jar" # this is a placeholder with an empty jar file, replace with a real JDBC file
SOLR_VOCAB_DATABASE_SCHEMA="vocab"
############################################################################################################################################################
# Section 8:
# HADES credentials to use in RStudio
############################################################################################################################################################
HADES_USER="ohdsi"
HADES_PASSWORD_FILE="./secrets/hades/HADES_PASSWORD"
############################################################################################################################################################
# Section 9:
# Postgres and UMLS credentials for loading OMOP Vocab files into Postgres schema
############################################################################################################################################################
VOCAB_PG_HOST="broadsea-atlasdb" # the host name by itself (without db name)
VOCAB_PG_DATABASE="postgres"
VOCAB_PG_SCHEMA="omop_vocab"
VOCAB_PG_USER="postgres"
VOCAB_PG_PASSWORD_FILE="./secrets/omop_vocab/VOCAB_PG_PASSWORD"
VOCAB_PG_FILES_PATH="./omop_vocab/files" # folder path with vocab files from Athena
# IMPORTANT: If CPT4 conversion needed, use API KEY from UMLS account profile: https://uts.nlm.nih.gov/uts/profile
UMLS_API_KEY_FILE="./secrets/omop_vocab/UMLS_API_KEY"
############################################################################################################################################################
# Section 10:
# Postgres credentials for loading Phoebe file for Atlas 2.12+ Concept Recommendations into Postgres hosted OMOP Vocabulary schema
############################################################################################################################################################
# Should be an existing OMOP Vocabulary schema, you will need to make it the default Vocabulary source in Atlas
PHOEBE_PG_HOST="broadsea-atlasdb" # the host name by itself (without db name)
PHOEBE_PG_DATABASE="postgres"
PHOEBE_PG_SCHEMA="omop_vocab"
PHOEBE_PG_USER="postgres"
PHOEBE_PG_PASSWORD_FILE="./secrets/phoebe/PHOEBE_PG_PASSWORD"
############################################################################################################################################################
# Section 11:
# Ares Data Folder config
############################################################################################################################################################
# change to the Ares data folder on your host
ARES_DATA_FOLDER="cdm-postprocessing-data"
############################################################################################################################################################
# Section 12:
# Broadsea Content Page config
############################################################################################################################################################
CONTENT_TITLE="Broadsea 3.5 Applications" # can change this title to something for your organization
# divs with links to apps
# either "show" to include on the page or "none" to hide it
CONTENT_ARES_DISPLAY="show"
CONTENT_ATLAS_DISPLAY="show"
CONTENT_HADES_DISPLAY="show"
CONTENT_OPENSHINYSERVER_DISPLAY="show"
CONTENT_PGADMIN4_DISPLAY="show"
CONTENT_POSITCONNECT_DISPLAY="none" # requires commercial license, see Section 15
CONTENT_PERSEUS_DISPLAY="none"
############################################################################################################################################################
# Section 13:
# Broadsea Open LDAP config; Open LDAP is recommended for testing of Atlas with security
############################################################################################################################################################
# create users here, comma separated
OPENLDAP_USERS="user1"
OPENLDAP_ADMIN_PASSWORD_FILE="./secrets/openldap/OPENLDAP_ADMIN_PASSWORD"
OPENLDAP_ACCOUNT_PASSWORDS_FILE="./secrets/openldap/OPENLDAP_ACCOUNT_PASSWORDS"
############################################################################################################################################################
# Section 14:
# Broadsea Open Shiny Server (open-source)
############################################################################################################################################################
OPEN_SHINY_SERVER_APP_ROOT="./shiny_server" # change to the root folder with the shiny apps
############################################################################################################################################################
# Section 15:
# Broadsea Posit Connect config (requires commercial license)
############################################################################################################################################################
# A valid commercial license is required as either: a server URL or a .lic file
POSIT_CONNECT_LICENSE_SERVER="" # a server URL that hosts the license
POSIT_CONNECT_LICENSE_FILE="./posit_connect/posit_license.lic" # path to a .lic file
POSIT_CONNECT_GCFG_FILE="./posit_connect/rstudio-connect.gcfg" # a global config file for Posit Connect to define further configurations
POSIT_CONNECT_R_VERSION="4.2.3" # can replace with any valid R version (versions posted here: https://cdn.posit.co/r/versions.json)
############################################################################################################################################################
# Section 16:
# Perseus and DBT Stack - for ETL design and execution of a CDM
############################################################################################################################################################
PERSEUS_SMTP_SERVER=
PERSEUS_SMTP_PORT=
PERSEUS_SMTP_EMAIL=
PERSEUS_SMTP_USER=
PERSEUS_SMTP_PWD=
PERSEUS_TOKEN_SECRET_KEY=Perseus-Arcad!a
PERSEUS_EMAIL_SECRET_KEY=8cmuh4t5xTtR1EHaojWL0aqCR3vZ48PZF5AYkTe0iqo=
PERSEUS_VOCAB_FILES_PATH="./omop_vocab/files"
DBT_PROJECT_PATH="./dbt/example_dbt_project"
DBT_PROFILE_PATH="./dbt/example_dbt_profiles"
############################################################################################################################################################
# Section 17:
# Post-Processing of a CDM (Achilles, DataQualityDashboard, and AresIndexer)
############################################################################################################################################################
# CDM Configuration - these will be used for Achilles, DQD, and AresIndexer
CDM_CONNECTIONDETAILS_DBMS="postgresql"
CDM_CONNECTIONDETAILS_USER="postgres"
CDM_CONNECTIONDETAILS_PASSWORD_FILE="./secrets/postprocessing/CDM_CONNECTIONDETAILS_PASSWORD"
CDM_CONNECTIONDETAILS_SERVER="broadsea-atlasdb/postgres"
CDM_CONNECTIONDETAILS_PORT="5432"
CDM_CONNECTIONDETAILS_EXTRA_SETTINGS=""
CDM_VERSION="5.3"
CDM_SOURCE_NAME="OHDSI Eunomia Demo Database"
CDM_DATABASE_SCHEMA="demo_cdm"
RESULTS_DATABASE_SCHEMA="demo_cdm_results"
SCRATCH_DATABASE_SCHEMA="demo_cdm_results"
VOCAB_DATABASE_SCHEMA="demo_cdm"
TEMP_EMULATION_SCHEMA=""
# Specific Achilles Config Items
ACHILLES_ANALYSIS_IDS=""
ACHILLES_CREATE_TABLE="true"
ACHILLES_SMALL_CELL_COUNT="0"
ACHILLES_CREATE_INDICES="false"
ACHILLES_NUM_THREADS="2"
ACHILLES_TEMP_ACHILLES_PREFIX="tmpach"
ACHILLES_DROP_SCRATCH_TABLES="true"
ACHILLES_VERBOSE_MODE="true"
ACHILLES_OPTIMIZE_ATLAS_CACHE="true"
ACHILLES_DEFAULT_ANALYSES_ONLY="true"
ACHILLES_UPDATE_GIVEN_ANALYSES_ONLY="false"
ACHILLES_EXCLUDE_ANALYSIS_IDS=""
ACHILLES_SQL_ONLY="false"
ACHILLES_SQL_DIALECT="postgresql"
# Specific DataQualityDashboard Config Items
DQD_NUM_THREADS="2"
DQD_SQL_ONLY="FALSE"
DQD_SQL_ONLY_UNION_COUNT="1"
DQD_SQL_ONLY_INCREMENTAL_INSERT="FALSE"
DQD_VERBOSE_MODE="FALSE"
DQD_WRITE_TO_TABLE="TRUE"
DQD_WRITE_TABLE_NAME="dqdashboard_results"
DQD_WRITE_TO_CSV="FALSE"
DQD_CSV_FILE=""
DQD_CHECK_LEVELS="TABLE,FIELD,CONCEPT"
DQD_CHECK_NAMES=""
DQD_COHORT_DEFINITION_ID=""
DQD_COHORT_DATABASE_SCHEMA="demo_cdm_results"
DQD_COHORT_TABLE_NAME="cohort"
DQD_TABLES_TO_EXCLUDE="CONCEPT,VOCABULARY,CONCEPT_ANCESTOR,CONCEPT_RELATIONSHIP,CONCEPT_CLASS,CONCEPT_SYNONYM,RELATIONSHIP,DOMAIN"
DQD_TABLE_CHECK_THRESHOLD_LOC="default"
DQD_FIELD_CHECK_THRESHOLD_LOC="default"
DQD_CONCEPT_CHECK_THRESHOLD_LOC="default"
# Specific AresIndexer Config Items
ARES_RUN_NETWORK="FALSE" # should the full Ares network analysis be run?
############################################################################################################################################################
# Section 18:
# pgAdmin4 config
############################################################################################################################################################
# default admin user login userid and password
PGADMIN_ADMIN_USER="user@domain.com"
PGADMIN_DEFAULT_PASSWORD_FILE="./secrets/pgadmin4/PGADMIN_DEFAULT_PASSWORD"